מקורן של ההוראות החלות על הכהן בבואו לעבודה במקדש. הוא בפרשת אחרי-מות אשר בספר ויקרא. פרשה זו נקראת ביום כיפור לפני הצהרים. פרטי הדינים הנוגעים ל"עבודה" מובאים במסכת יומא.
מיום שחרב בית המקדש במקום הקרבנות באה התפילה. "סדר העבודה" המודפסת במחזור של יום כיפור, הוא אחד החלקים החגיגיים והיפים ביותר של סדר התפילה ביום הקדוש. ב"עבודה" כלולות גם כריעות והשתחוואות החוזרות ונשנות פעמים אחדות, כפי שהיו עושים בבית המקדש הכהן הגדול וכל קהל ישראל.
ה"עבודה" כלולה בתפילת המוסף, לאחר שנערכה וחוברה בצורה פיוטית ע"י הפייטן הקדום שחי לפני כ1400- שנה, בזמן שהתלמוד נערך באופן סופי ע"י רבנן סבוראי, שבאו אחרי האמוראים.
פייטן זה היה רבי יוסי בן יוסי היתום. מעט מאד ידוע לנו עתה על הפייטן וחייו וכל מה שאנו יודעים הוא שרבי יוסי בן יוסי חי בארץ ישראל. מניחים כי הוא נולד לאחרי מות אביו ועל כן נקרא בשם אביו וכן מכונה "היתום" מסיבה זו. הוא היה כהן ונקרא בפי בני דורו "כהן גדול" לאות כבוד והערצה. יתכן כי עובדת היותו כהן השפיעה עליו לתת ביטוי לסדר ה"עבודה" שהייתה נהוגה בבית המקדש.
סגנונו של רבי יוסי הוא עשיר, בעל מעוף ודמיון. יחד עם זאת הוא גם מדייק בלשונו ואינו נתפס להפלגות. הוא שואב ממקורות חז"ל והמדרשים. פיוטיו אינם כתובים בחרוזים, כי אם באלפא-ביתין, כשכל משפט מתחיל באות אחרת של האל"ף-בי"ת. לעתים מתחילים פסוקים אחדים באותה האות ולפעמים הוא פותח מהאות האחרונה של האל"ף-בי"ת, הכל לפי צורך הפיט.
במחזור לפי נוסח ספרד (שהוא גם הנוסח החסידי), מתחילה ה"עבודה" בפיוט "אתה כוננת", המתאר כיצד ברא השם את העולם ואת אדם הראשון שנצטווה למלא אחר צו השם, אולם לאחר שלא שמע בקול הבורא גורש מגן העדן, אך השם ברחמיו הרבים בירך אותו ואת חוה אשתו שירבו וימלאו את הארץ. כך הוא מתאר את דורו של נוח והמבול וכן את דור הפלגה שרצה לבנות מגדל שראשו בשמים. ומכאן לאברהם אבינו, שנבחר ע"י השם להיות אבי האומה הישראלית. השם ברכו בבן מושלם ותמים – הלא הוא יצחק – שאף הוא נתברך בבן כמוהו, איש תם ויושב אוהלים, הלא הוא יעקב אבינו. ומיעקב לשנים עשר השבטים, ביניהם שבט לוי הנבחר ואהרן הכהן הגדול.
מכאן ממשיך הפיוט ומתאר את עבודת אהרן הכהן וצאצאיו הכהנים הגדולים. זהו תאור פיוטי של סדר העבודה ביום הכיפורים.
רבי יוסי בן יוסי כתב גם נוסחה אחרת של סדר העבודה, המתחילה במלים "אזכיר גבורות". גם זה כתוב לפי אל"ף-בי"ת, אולם כאן הוא משתמש בכל אות עשר פעמים. במחזורים נוסח אשכנז מצויה נוסחה שלישית, המתחילה במלים "אמן כוח". פיוט זה כתוב באל"ף-בי"ת משולש, כשכל אות מופיעה שלוש פעמים.
סדר העבודה מגיע לשיאו, כאשר הכהן הגדול מתוודה וכל העם כורעים ומשתחווים, בשמעם את השם המפורש יוצא מפי הכהן גדול בקדושה ובטהרה.
מראה הוד של בית המקדש עולה בדמיוננו והלב נצבט מגודל המעמד, שעה שהכהן הגדול אומר: אנא בשם, חטאתי, עויתי, פשעתי לפניך אני וביתי. אנא בשם, כפר נא לחטאים ולעוונות ולפשעים שחטאתי ושעוויתי ושפשעתי לפניך אני וביתי, ככתוב בתורת משה עבדך מפי כבודך כי ביום הזה יכפר עליכם לטהר אתכם מכל חטאתיכם לפני ה'.
להלן, בסיומו של סדר העבודה. מצוי פיוט נפלא על "מראה הכהן". שעה שיצא מבית קדשי הקדשים. גם כאן הוא מתאר לפי סדר אלפא-ביתי את מראה הכהן "כברקים היוצאים מזיו החיות", "כדמות הקשת בתוך הענן", "כורד הנתון בתוך גינת חמד" וכו'.
לאחר מכן באה תפילה הקובעת בצער כי כל זה היה "בהיות ההיכל על יסודותיו, ומקדש הקודש על מכונותיו וכהן גדול עומד ומשרת – אשרי עין ראתה כל אלה!" אולם עתה, שבית המקדש חרב ואין לנו "לא אשים ולא אשם, לא בדים… לא היכל, לא הזיה ולא ווידוי" – הלא למשמע אוזן דאבה נפשנו.., ! לאחר שורה של פרקי תפילה המביעים את צערנו הגדול על אבדן בית המקדש וסדר העבודה, מסתיים חלק זה של תפילת יום כיפור בקטע האומר: "מה נדבר פני מישרים דובר? ומה נענה לממנו מענה? ומה נצטדקה פני לובש צדקה? גמלנו טובות ושלמנוהו רעות ומה יש לנו עוד צדקה ולזעוק עוד אל פני המלך?!".
